客觀地認識和評價一個新的工藝是進一步開發研究的基礎，盡管DAT--IAT工藝有如前所述的諸多優點，但同時也存在一些不足之處：
(1)回流污泥量大：能耗高為了保持DAT池內較長的污泥齡和較高的微生物濃度，得在IAT池內安裝污泥泵，將IAT池內的部分污泥用污泥泵連續抽回DAT池。
(2)脫氮除磷需要延長運行周期：增加攪拌脫氮除磷要求好氧/缺氧/厭氧交替的環境，由于該工藝的缺氧、厭氧環境是從好氧環境轉變過去，且只發生在潷水階段末期，反硝化和磷的釋放不充分，脫氮除磷的效果是有限的，因此，可根據要求增設攪拌裝置延長缺氧、厭氧的時間，但這卻相應地延長了運行周期。
(3)除磷效果差：由于DAT-IAT工藝的厭氧只發生在潷水階段末期，持續時間很短，磷的釋放不充分，并且IAT池中殘留的溶解氧和N0x-N濃度對其也會產生影響；同時，潷水階段末期可生物降解的有機物濃度很低，使聚磷菌沒有合適的基質可利用；此外，泥齡愈短，除磷效果愈好，而DAT-IAT工藝屬于長泥齡工藝，故而除磷效果差。
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