首先，大多數天然色素分子量小，和纖維之間范德華力很弱：其次，棉纖維帶負電，天然色素在染液中電離也帶負電，兩者之間存在庫倫斥力這就導致色素上染性很差，從而使得棉針織物出現染色深度差的問題，現階段的主要解決辦法有：媒染法、棉的陽離子改性等這些方法主要是對染料的吸附上染過程進行改善來提高染料的上染率，從而使染深性有一定提高。
2，2天然色素染色牢度低的問題
天然色素分子中含有大量的羥基，在堿性條件下，羥基易電離因此色素水溶性大大提高，使織物的色牢度較低如果運用化學手段將天然色素分子中的一些羥基封閉或使之發生交聯，就可以提高織物的色牢度。
梔子黃對棉進行染色用樹脂整理劑改性二羥甲基二羥基乙烯脲處理以后，干、濕摩擦牢度和皂洗牢度都有顯著提高，但這種固色劑在使用過程中會釋放出甲醛，不利 于環保周家偉用環氧固色劑EH對蘇木色素染色棉織物進行固色處理后，棉織物色牢度得到大大提高環氧化合物在染整加工中常用作固色劑、交聯劑等，其分子中含 有的環氧基不穩定，容易對羥基發生醚化反應，將染料中的酚羥基封閉，同時也與棉纖維上的羥基發生交聯，從而使染料和纖維更緊密地結合，起到同色的作用。
2-3天然色素穩定性差的問題
天然色素較人工合成的色素穩定性差，主要是天然色素受外界因素影響大，如光、溫度、pH值等因素的影響光線會誘導帶有生物活性的有機物令天然色素分解或氧化而褪色：加熱或高溫會加快天然色素的變色；pH值會使天然色素的結構或組成發生變化，從而使其顏色發生變化。
改善天然色素穩定性差的措施通過分子輔色作用提高天然色素的穩定性：通過分子化學改性提高天然色素的穩定性：應用生物T程技術提高天然色素的穩定性等例 如，采用對氨基苯磺酸作為重氮組分對姜黃色素進行改性，改性后的色素比姜黃色素更具有應用性能，中國印花網也認同；對酸堿變化沒有姜黃敏感，其化學穩定性和姜黃相比有了很大提高。
2，4天然色素色相單調的問題
天然色素色譜不全，解決色相單調的方法是采用多種不同色相的染料拼混或天然色素和媒染劑組合媒染劑可以豐富天然色素的色相，且可以加入兩種或兩種以上的媒 染劑但是天然色素的拼混還存在一些問題天然色素由于結構復雜，不同天然色素之間性質存在很大差異，這就使得天然色素的配伍性較差，這是今后需要研究解決的一個問題。
3結束語
目前，盡管天然色素存在諸多問題還不能完全取代合成染料，但天然色素無毒無害，對皮膚無過敏性和致癌性，具有良好的生物可降解性和環境相容性，其色澤自然 柔和有特色這些特點已深受人們的喜愛，隨著人們環保意識的不斷提高，人們對自身健康的日益重視和科學技術的不斷發展，相信天然色素將會具有廣闊的應用前景。
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