遺傳分析方法采用主基因+多基因混合遺傳模型P1、P2、F1、B1、B2、F2群體6世代聯合分析的方法，分別在A（1對主基因）、B（2對主基因）、C（多基因）、D（1對主基因+多基因）、E（2對主基因+多基因）等5類24種遺傳模型下，對J381蘇棉12、J415蘇棉12兩重復六世代的纖維品質進行分析，估算極大似然值和AIC值，通過AIC值判別和一組適合性檢驗，選擇最適遺傳模型，并估計出相應的主基因與多基因效應值、方差及有關遺傳參數，主基因遺傳率：h2mg=2mg/2p，多基因遺傳率：h2pg=2pg/2p。
親本的纖維品質表現從看出，除麥克隆值CV略大于10%外，長度和強度CV均在10%以下，因此可用于遺傳分析。同時由于J381和J415的選育目標、過程和系譜完全一致，品質上均明顯優于對照品種，屬同檔次，結果基本一致，可以將其研究看成是一親本兩重復研究，其遺傳差異主要是重復間差異，本質上并無不同。
纖維品質性狀的遺傳對P1、P2、F1、B1、B2、F2群體6世代進行聯合遺傳分析，計算出各模型的遺傳參數（）。結果兩重復基本一致，纖維強度屬2對主基因+多基因混合遺傳模型，主基因遺傳率較高；長度和麥克隆值屬1對主基因+多基因混合遺傳模型，長度總遺傳率較高，但以多基因遺傳率為主；麥克隆值則在重復間存在一定的差異。
纖維強度。結果表明，存在2對主基因，加性效應均為正值。且加性和顯性效應值、顯性度都很接近，主基因雜合時均為負顯性效應。
世代間遺傳率則以主基因遺傳率為主，其中又以B1和F2的遺傳率最高，主基因遺傳率分別為69.47%45.63%和30.42%38.77%，而B2的遺傳率較低，主基因遺傳率僅為0.14%3.29%.
纖維長度。結果表明，主基因加性效應為正值，但遠低于多基因的加性效應。多基因的顯性效應為正值，因此多基因雜合時長度較好，但顯性度不高，僅在0.17左右，因此提高長度的潛力有限。
由于主基因的遺傳效應值遠低于多基因，因此無論回交世代還是F2，主基因遺傳率遠低于多基因。F2多基因遺傳率為34.34%32.98%；B1世代多基因遺傳率也較高，但重復間有一定差異，為7.56%34.05%.
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