在儀器化公證檢驗中，尤其是國家近幾年連續收儲的過程中，存在著樣品不真實、回潮率造假、虛構條碼、條碼與樣品不相符等問題。
1.樣品的真實性。企業由于收購時混等混級，為了搶購棉花收購超水棉。當加工好的皮棉樣品質量參差不齊時，就用好的棉樣代替等級差的樣品，人為修改在線測水裝置上的回潮率，回潮率從9月—12月都在一個數據范圍內。先打白皮包不刷嘜，等檢驗結果出來了不符合入儲要求的再換其他樣品進行公檢，還有樣品缺少的自行手工切割樣品，樣品尺寸不合乎要求還有大小不一的成塊棉花也進行送檢。從個別企業送檢的樣批包數上看，條碼信息系統也存在問題，生成虛假條碼，冬天的加工量包數遠遠大于正常日生產能力。
2.條碼不清晰。檢驗體制改革從2004年至今經歷了第九個年頭，參加技改的企業也大都在7—9年了，條碼打印機的針頭也已老化需要更換，再加上信息管理員工作不到位，沒有定時用99%的酒精清洗打印頭，致使部分企業的樣品在公證檢驗時32位條碼無法錄入，造成企業一個樣批的檢驗結果數據不全。部分企業使用過期條碼紙和色帶，色帶干澀致使32位條碼打印不全。還有溫度太低也造成條碼打印不清晰，重復打印棉包包號系統拒絕錄入等。
3.條碼超時、漏檢的問題。加工企業的一個樣批號是指從當天凌晨零點至24點前為一個樣批號。一個最主要的原因是由于企業的取樣員工作疏忽少取或漏取一個當天的樣品或者多取一個次日的樣品都有可能造成超時或者漏檢。另一個原因就是企業樣品管理員沒有將當天的樣品查清楚，樣袋號和樣品只數不詳，不按標準規定裝樣，樣品袋口沒扎緊就稀里糊涂地將樣品交給纖檢機構，這樣也造成丟樣、漏檢、超時現象。
4.樣品形態及軋工質量。參加技改的加工企業正確的取樣方法是：使用專用取樣裝置，在每個棉包的兩個壓縮面中部，分別切取長260mm、寬105mm或124mm、重量不少于125g的切割樣品。取樣時，將每個切割樣品按層平均分成兩半，其中一個切割樣品中對應棉包外側的一半和另一個切割樣品中對應棉包內側的一半合并形成一個檢驗用樣品，剩余的兩半合并形成棉花加工單位留樣。棉花樣品應保持原切取的形狀、尺寸，即樣品為長方形且平整不亂，但有個別企業不按正常標準取樣，樣品外觀形態及尺寸不合乎要求，樣品重量不足125g(有50g～100g)的，無法進行HVI大容量儀器的測試而造成檢驗數據不真。有的甚至是一團一團的無法定級。棉樣回潮率大，造成軋工質量參差不齊，外觀形態雜亂，索絲、棉結多而影響等級。針對以上存在的問題應采取積極的防御措施：一是統一思想，提高認識，加強崗位管理。加強思想道德素質的培訓，使其端正經營思想，正確處理農商關系，講究職業道德提高法治觀念，堅持客觀公正、公平和實事求是的態度，自覺主動地執行標準。根據企業所需加強國家標準及相關法律法規的學習，提高專業技術水平和工作技能。
二是專業纖檢部門加強監督檢查。專業纖檢部門依照棉花監督管理條例依法進行監督檢查，目的是督促企業加強管理、嚴格按照棉花國家標準收購加工。比如，不定期地檢查打包機的運行狀況：在線回潮率裝置是否正確、打包速度是否合乎要求、條形碼裝置及運行是否正常，留樣是否規范、真實等等，這些規范性的監督檢查對企業的信息及樣品管理起到了督促、預防和促進的作用。
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