染色劑溶液的酸堿性是指染料溶液的pH值，例如醋酸洋紅和龍膽紫溶液均為堿性染料，但它們的溶液卻是酸性，而曙紅為酸性染料但溶液是堿性，又如中性紅是堿性染料而它的溶液呈中性。
染色劑溶液的酸堿性與試劑的成分、反應條件以及染料的溶解度等因素有關。如斐林試劑需要新配制的cu(OH)溶液，而雙縮脲試劑需要堿性條件的Cu2與蛋白質的肽鍵反應形成紫色或紫紅色的絡合物。又如洋紅的等電點是pH4．07～4．5，此時洋紅的溶解度最小，只有在高于或低于它的等電點的溶液中才易溶解，醋酸洋紅的溶液呈酸性，但它的顯色基團的化學性質沒有改變，其中的醋酸分子穿透組織的速度快，并能夠凝固核蛋白，更有利于對染色體的染色。同樣用2％的醋酸配制的l％龍膽紫溶液呈酸性，它對根尖分生區細胞內染色體的染色效果要好于l％龍膽紫水溶液。
由此可見染色劑的酸堿性不是指染色劑溶液的pH值，而是指染色劑對物質進行染色時與顯色有關的主要基團是陽離子還是陰離子。
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