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(1)纖維素酶不耐熱。紡織品的化學加工連續化程度很高，一個重要的手段是依靠熱能加速化學反應。目前所用的酸性纖維素酶均來自真菌，不僅活力有限，而且不耐高溫。如由綠色木霉中提取的纖維素酶在75t以上的水溶液中便因聚集作用而完全失活。因此除用于牛仔服裝間歇性生產外，還很難適應大批量的連續性生產。 (2)反應程度難以控制。目前纖維素酶在飼料、食品和酒類等方面應用較多。這些工業都要求獲得最大的產糖率。而對紡織化學加工來說生產安全性就大大降低了。因為除了去除毛呢織物中的植物雜質外，對纖維素織物并不要求水解完全至生成糖類。例如對高支純棉織物處理，如控制不慎，強度可下降1／3，很難符合服用要求。 (3)不同纖維素酶組分不同。各種真菌產生的纖維素酶中C1酶和Cx酶組成差異很大(不僅含量不同，酶相對分子質量也不盡相同)，因此對同一棉織物的作用也不相同。現在采用纖維素酶加工，如果不能夠確定各種組分含量，貿然進行加工，有著很大的風險。關于酶的用量目前有很多技術報道只列出商品名稱而無組分介紹，因此提供的結果缺乏可比性和重現性。 (4)對纖維素織物作用安全性差。酶的催化作用具有高度專一性，這是與一般催化劑最大的不同之處。正是由于這種性質，用酶處理具有很大的安全性。例如用淀粉酶退漿不會損傷纖維，用蛋白酶脫除絲膠不會危及絲素。但是纖維素酶對纖維素織物作用不具備安全性，所以用纖維素酶加工纖維素類織物要慎重處理和嚴格控制工藝操作。一般情況下，織物減重率在6％以下是可以接受的，超過此比率就會影響服用價值。其中尤以模擬滌綸的減量加工風險最大，這種整理效果是以犧牲較大的織物強度而獲得的。由于纖維素織物原來的強度并不高，所以掌握難度較大。又如“生物拋光”只去除毛羽，這實際上只是主觀愿望，因為同時必然要危及織物本身。 為了解決以上矛盾，必須深入研究纖維素酶的作用規律，開發適合紡織化學加工的專用酶

種。紡織化學加工使用的纖維素酶，應選擇對纖維晶態結構有較強吸附、滲透和水解作用的內切酶。因為晶態結構一旦松動，降解作用就會加速，高效化處理就有可能進行。對織物來說，一旦降解成為可溶性低聚糖，就能通過現代高效水洗手段除去，這樣既可縮短反應歷程，又能避免纖維二糖和葡萄糖等水解產物對酶的抑制。例如用淀粉酶退漿，我們選用α一淀粉酶(水解歷程為：淀粉一一糊精)，而不用β一淀粉酶(水解歷程為：淀粉一糊精一一可溶性淀粉一一葡萄糖)。因為前者反應歷程短，效率高，可以實現高效退漿。 一些細菌產生的纖維素酶中內切酶含量較高，有的還能耐高溫。這是紡織化學加工中最理想的酶種。產生這類纖維素酶的細菌大都為厭氧菌，而且是胞內酶，有的生產很慢，這使得培養、制造和提取有一定困難，但現代技術是可以克服的。